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 Sujet du message : Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 12:47 
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Fustel de Coulanges
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Bonjour,


Lu dans un article, au demeurant très peu documenté et franchement mauvais, cette phrase m'a interpellé :
"D'ailleurs, les récentes études génétiques ont montré qu'on trouvait en France un mélange des trois grands groupes d'hominiens archaïques que nous connaissons actuellement : Neandertal, Cro-Magnon et l'homme de Dénisova, originaire de Sibérie, dont les gènes nous ont peut-être été apportés par les Huns. "


Je n'avais jamais entendu cette histoire. Voyez-vous à quoi il peut faire référence? Ou alors c'est une élucubration totale?

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 13:56 
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A Denisova, on a trouvé une dent ou une phalange. Devant, il y avait assez d'ADN pour faire un séquencage.

Surprise : cet ADN, bien qu'il leur soit apparenté, n'est pas un ADN de néandertalien, ni de sapiens. C'est un ADN qui semble relativement moderne, donc ce ne serait pas un ADN d'erectus. L'homme (ou la femme) de Denisova est donc le seul homo dont on ne sache rien de sa morphologie, mais donc on a la structure génétique. Et on a une certaine parenté.

Bien entendu, les études sont partagées. On pense de manière à peu près sûre que neandertaliens et denisoviens sont apparentés, ils ont un ancêtre commun qui s'était déjà séparé des sapiens africains. Pour les sapiens européens, c'est un peu plus compliqué. Nous avons des gènes en communs. Viennent-ils d'un ancêtre commun aux néandertaliens, aux hommes modernes asiato-européens et aux néandertaliens ? Viennent-ils d'un hybride neandertal-denisova qui se serait uni à des sapiens palestiniens pour donner l'homme moderne européen ? Viennent-ils d'un ancêtre neandertal-denisovien à partir duquel les 2 branches se seraient séparées, mais dont une partie de la descendance (sûrement coté néandertal) se serait hybridée à des hommes modernes ?

Bref, dans le capital de l'homme moderne d’Europe et d'Asie de l'ouest, il y a du denisovien, du neandertal et du sapiens africain et pour l'instant, chacun a une idée de comment cette "partouze" paléolithique s'est déroulée pour que nous soyons ce que nous sommes.

PS, accessoirement, ils me semble qu'on a trouvé aussi quelques outils de pierre.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 14:41 
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Pierre de L'Estoile
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Et tout ça s'est passé devant les enfants ? C'est du joli !

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 16:27 
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Fustel de Coulanges
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Vous m'apprenez vraiment quelque chose Narduccio! Je ne pensais qu'on avait de l'ADN de ces sibériens (découverts relativement récemment qui plus est).

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 16:43 
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Alfred Teckel a écrit :
Vous m'apprenez vraiment quelque chose Narduccio! Je ne pensais qu'on avait de l'ADN de ces sibériens (découverts relativement récemment qui plus est).


En cherchant dans l'historique du forum, vous découvrirez que l'homme de Denisova a déjà été cité 18 fois (surtout dans les discussions au sujet des néandertaliens ou de l'hybridation sapiens-neandertal). La première citation est celle-ci, elle date du 26 mars 2010 :
http://www.passion-histoire.net/viewtopic.php?p=322400#p322400

L`ancien a écrit :
Voici un article qui fait peut être un peu moins dans le sensationnel :

http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/a/actualite-l-homme-de-denisova-nouveau-cousin-24778.php

En fait, la grande découverte en question n'est pas tellement que cet homme de Denisova soit contemporain de Néandertal ou de Cro-Magnon, mais qu'effectivement, comme le souligne Mishima, que sont ancêtre ne soit pas Homo Erectus. Cela veut dire que ce dernier à eu au moins un autre contemporain dont nous ne soupçonnions même pas l'existence jusqu'ici.


Citer :
Out of Africa ? Oui, l'espèce humaine a essaimé à partir de l'Afrique, mais quand ? Un fossile daté d'environ 40 000 ans retrouvé en Sibérie complique l'énigme : le séquençage de ses gènes suggère qu'il appartient à un hominidé, qui n'était ni un Néandertalien ni un homme moderne.

Le fossile provient de l'Altaï sibérien, et plus précisément de la grotte de Denisova, une grande cavité très riche en traces et artefacts préhistoriques, car elle a été occupée pendant 125 000 ans. Johannes Krause et ses collègues, de l'Institut Max-Planck de Leipzig et de diverses universités européennes et américaines, viennent de séquencer entièrement l'ADN mitochondrial contenu dans l'un des rares fossiles humains de la grotte de Denisova, un os isolé appartenant à un doigt.

L'ADN mitochondrial est issu des mitochondries, des organites cellulaires. Il contient environ 16 000 bases. Pour analyser le génome mitochondrial de l'os, les chercheurs ont appliqué une méthode d'amplification spécifique de séquences d'ADN (PCR modifiée), mise au point récemment pour séquencer l'ADN mitochondrial des Néandertaliens sans craindre les contaminations.

La comparaison de la séquence obtenue – la séquence complète de l'ADN mitochondrial de l'individu – a révélé qu'elle différait trop de l'ADN mitochondrial des Néandertaliens et des hommes modernes pour qu'on puisse conclure que l'individu séquencé appartenait à l'une de ces espèces. Or le fragment osseux provient d'une strate de la grotte datée entre 48 000 et 30 000 ans avant le présent… Ainsi, à une époque où des hommes modernes et des hommes de Néandertal vivaient en Sibérie, le bout de doigt de Denisova suggère fortement qu'une troisième espèce humaine y vivait aussi ! Chose remarquable, ce serait la première fois qu'une espèce humaine est découverte seulement à partir d'une analyse génétique.

Mais de quelle espèce s'agit-il ? Les ancêtres des Néandertaliens et des hommes modernes ont divergé en Afrique, il y a environ 450 000 ans, avant que certains de leurs descendants ne quittent le continent, il y a quelque 250 000 ans pour les premiers et 100 000 ans pour les seconds. Les chercheurs ont établi un nouvel arbre phylogénétique du genre Homo intégrant la nouvelle espèce probable. L'ancêtre commun des Néandertaliens, de l'homme moderne et de l'homme de Denisova aurait vécu il y a environ un million d'années. Dans ce cas, il est impossible que l'homme de Denisova descende de Homo erectus, puisque celui-ci a migré vers l'Eurasie 900 000 ans avant que ne vive cet ancêtre commun, soit il y a 1,9 million d'années. Il semble donc qu'une vague humaine passée inaperçue jusqu'à aujourd'hui aurait quitté l'Afrique il y a un million d'années environ.

Cette découverte est plus qu'inattendue, et certains préhistoriens répugnent encore à la considérer comme certaine sur la seule base de l'ADN mitochondrial. Pour mieux apprécier la distance génétique entre la probable nouvelle espèce, Homo neanderthalensis et Homo sapiens, les chercheurs ont entrepris d'extraire de l'ADN nucléaire de l'os du doigt. Toutefois, pour vraiment convaincre les préhistoriens, il faudrait leur trouver un fossile plus complet d'homme de Denisova...


Depuis, il y a eu quelques études. On en trouve des traces sur le web, mais faut souvent parler anglais et mon anglais est des plus précaires. VOici quand même quelques liens :
John Hawks : Denisova

Prépa agrégation interne : les origines de l'homme
Citer :
Les denisoviens
Denisova est un site en grotte des monts de l’Altaï, sud de la Sibérie. Dans ce site, une
phalange juvénile et une dent adulte a été mise au jour. L’étude de l’ADN (2010) a permit de montrer que ces restes sont différents des néandertaliens et des hommes actuels et que la date de séparation date d’environ 1 Ma. L’étude porte sur l’ADNmt et l’ADN nucléaire.
Autant la phalange n’était distinguable ni des hommes modernes, ni des néandertaliens, autant la dent est présente des dimensions nettement plus importantes que celle des néandertaliens et des hommes modernes.

Les principaux problèmes liés à l’ADN fossiles sont la faible quantité d’ADN disponible, son état très fragmentaire, sa grande fragilité, les mutations post-mortem et la contamination par de l’ADN moderne


Et les hommes peuplèrent la Terre...
Citer :
Quant à l'homme de Denisova récemment identifié par la génétique, il est peut-être le témoin d'une population isolée dans les monts de l'Altaï ; il est cependant plus sage d'attendre l'avancement des recherches sur cette nouvelle humanité.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 16:51 
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Grégoire de Tours
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complément:l'ADN mitochondrial est d'origine maternelle (monobrin) d'ou son intérêt dans les tests de filiation
de là à définir une espéce...


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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 16:52 
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Fustel de Coulanges
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Oui, 2010, c'est à peu près la date que j'avais en tête. Mais j'ignorais qu'on pouvait connaître l'ADN de restes aussi anciens en si peu de temps (1 an et demi à peine). Mais il est vrai que je n'y connais rien en ce domaine précis. Je ne savais pas non plus qu'une hybridation avec Sapiens avait été trouvée, en plus de celle sapiens-néandertal, désormais connue.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 17:04 
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Alfred Teckel a écrit :
Oui, 2010, c'est à peu près la date que j'avais en tête. Mais j'ignorais qu'on pouvait connaître l'ADN de restes aussi anciens en si peu de temps (1 an et demi à peine).

Sauf erreur de ma part, la phalange a été retrouvée en 2006. L'analyse ADN a été annoncée en 2010. Donc, environ 3-4 ans. Mais, l'analyse en elle-même prend quelques heures. La préparation est longue pour éviter de polluer l'échnatillon avec de l'ADN moderne.

Alfred Teckel a écrit :
Mais il est vrai que je n'y connais rien en ce domaine précis. Je ne savais pas non plus qu'une hybridation avec Sapiens avait été trouvée, en plus de celle sapiens-néandertal, désormais connue.


En fait, c'est pas aussi simple. Il y a des gènes communs, et il y a des gènes différents. Denisova a une diversité très grande avec les néandertaliens et encore plus grande avec les sapiens. Donc on hésite entre plusieurs interprétations. Pour certains, c'est une branche perdue et notre communauté génétique viendrait de notre plus ancien ancêtre commun, il y a 1 million d'année. Pour d'autres, il y aurait eu une zone entre l'Asie, l'Afrique et l'Europe où les 3 populations auraient vécues et où il y aurait eu des échanges génétiques. Entre ces 2 extrêmes, toutes les hypothèses coexistent. Avec quelques personnes qui pensent qu'en fait, les similitudes proviendraient d'une pollution plus ou moins ancienne.

Mais, pour l'instant, on n'a pas retrouvé d'autres traces des denisoviens. Ils sont donc une particularité. De la plupart des espèces des hominidés on a des artefacts, un nombre plus ou moins grands d'ossements et parfois, la surprise de découvrir de l'ADN exploitable. Pour l'homme de Denisova, on a une phalange et une dent. Mais, on connait leur ADN ! C'est ce qui a permit d'établir qu'il s'agit d'une espèce à part.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 24 Août 2012 18:00 
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Grégoire de Tours
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Par contre, dire que "Dénisova, originaire de Sibérie, " a "des gènes" qui "nous ont peut-être été apportés par les Huns. " me semble complètement délirant (un peu comme si on affirmait que les gènes néandertaliens nous ont été transmis lors des invasions vikings :mrgreen: ).

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 01 Sep 2012 12:07 
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Pierre de L'Estoile
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Du nouveau sur le sujet ; le génome complet a été décrypté :
http://www.maxisciences.com/homme-de-denisova/le-genome-de-l-039-homme-de-denisova-livre-ses-secrets_art26357.html

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 27 Sep 2012 12:47 
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Grégoire de Tours
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Une émission intéressante sur L'homme de Denisova (mais aussi sur l'homme de Florès et Néandertal):

http://www.franceculture.fr/player/reecouter?play=4506997 (Le salon noir sur France Culture)


Pas mal de squelettes trouvés en Asie pourraient être des Dénisoviens. Ils se seraient accrus très rapidement et sur un très grands espaces (je n'ai pas vraiment compris pourquoi). On retrouve 6 pour cent de matériel génétique de l'homme Dénisova chez les Mélanésiens.

J'ai eu confirmation de ce dont je me doutais un peu : on ne peut pas séquencer le génome de l'homme de Florès, qui est très mal conservés. Quel dommage !

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 27 Sep 2012 13:05 
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Esther a écrit :
Ils se seraient accrus très rapidement et sur un très grands espaces (je n'ai pas vraiment compris pourquoi).


J'ai pas trouvé d'explications précise. Je pense qu'il y aurait 2 raisons qui permettent de dire cela.

La première serait génétique. On peut déterminer sa variabilité par rapport à ces contemporains (sapiens, néandertaliens, erectus). A partir de cette variabilité, il y a des lois qui permettent de déterminer la taille des populations. Plus, les groupes ont importants, plus la variabilité est grande. On sait grâce à cela que le nombre de néandertaliens fut toujours assez limité.

La seconde région est plus "écologique". Voici un homme qui débarque dans un milieu favorable avec aucun autre réel concurrent dans sa niche écologique. Théoriquement il n'y a pas de raisons qui s’opposent à une expansion rapide et à une occupation de tout l'espace disponible.

L'idéal se serait une étude qui démontre que les 2 raisons sont corrélées : une grande variabilité reliée avec des fossiles présents sur un grand espace. Pour cela, il faut d'abord que l'on démontre que les autres fossiles asiatiques sont aussi des denisoviens et pas d'autres humains.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 27 Sep 2012 13:29 
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Esther a écrit :
Une émission intéressante sur L'homme de Denisova (mais aussi sur l'homme de Florès et Néandertal):

http://www.franceculture.fr/player/reecouter?play=4506997 (Le salon noir sur France Culture)


Après avoir écouté cette émission, l'invité Jean-Jacques Hublin évoque bien la variabilité du génome, mais comme il fait à ce moment-là un parallèle avec les néandertaliens ses propos restent un peu flous. Quand il dit que la faible variabilité du génome implique des groupes numériquement faibles, j'ai pas compris s'il parlait exclusivement des néandertaliens ou s'il parlait des néandertaliens et des dénisoviens. Surtout que le présentateur embraye avec la question sur le développement rapide des dénisoviens en Asie...

PS: j'ai appris une autre chose dans cette émission : le gènes qui s'occupent de l'organisation du cerveau sont ceux qui sont soumis à la plus grande pression génétique lors de cette période. L'une des conséquences est qu'il faudrait peut-être changer notre manière de voir nos ancêtres. Je m'explique, jusqu'à présent j'avais l'habitude de dire que la différence entre les hommes actuels et cro-magnon était culturelle. Je reprenais par là, les travaux de très nombreux paléontologues qui se basaient sur la taille du cerveau, sur les traces laissées par le cerveau sur les parois crâniennes et sur leurs études de l'évolution des artefacts réalisés par les groupes humains. Or, si on confirme que notre cerveau a évolué dans son organisation au cours de cette période, il faudra tenir compte que nos ancêtres avaient des différences cognitives avec nous, différences qui n'étaient pas que culturelles. Nous serions donc aussi un peu différents sur ce plan-là.

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 27 Sep 2012 14:22 
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Pierre de L'Estoile
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@Esther, merci pour le lien. Avec Denisova, on va sans doute pouvoir enfin trouver des explications cohérentes pour ménager la susceptibilité des Chinois qui refusent d'avoir le même "ancêtre" que les autres peuples du monde.
Encore faut-il pouvoir réexaminer l'ADN des fossiles qu'ils détiennent (exception faite du fameux "homme de Pékin" théoriquement perdu corps et biens).

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 Sujet du message : Re: Gènes de Denisova?
Message Publié : 27 Sep 2012 19:53 
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Grégoire de Tours
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Localisation : Göbekli Tepe
Citer :
La première serait génétique. On peut déterminer sa variabilité par rapport à ces contemporains (sapiens, néandertaliens, erectus). A partir de cette variabilité, il y a des lois qui permettent de déterminer la taille des populations. Plus, les groupes ont importants, plus la variabilité est grande. On sait grâce à cela que le nombre de néandertaliens fut toujours assez limité.

Oui, c'est un peu ce que j'ai compris. Je pense que l'invité en sait plus que ce qu'il n'en dit pour s'avancer de cette manière. Je ne suis pas très sûre de comprendre comment on peut déterminer la grande variabilité des dénisoviens. Est-ce à partir des multiples mutations intervenues sur le matériel génétique typiquement dénisovien des Mélanésiens ?


Citer :
PS: j'ai appris une autre chose dans cette émission : le gènes qui s'occupent de l'organisation du cerveau sont ceux qui sont soumis à la plus grande pression génétique lors de cette période.

C'est vrai que c'est très intéressant et même fascinant de se rendre compte à quel point l'homme, dans son mode de pensée, est le fruit de la sélection naturelle.

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