Le 22 septembre 1889, le scrutin de liste avait fait place au scrutin uninominal ; M. Paul Deschanel se présenta dans l'arrondissement de Nogent-le-Rotrou. Il fut réélu au premier tour, sans concurrent, par 6.458 voix sur 7.650 votants. Le 20 mai 1890, il prononça un discours en faveur de la liberté de la presse et le 9 mai 1891, au cours de la discussion du tarif général des douanes, il fit un exposé de la politique économique de la France. Lors de la discussion générale du projet de budget, il proposa un ensemble de réformes pour hâter l'unification budgétaire.

Le 20 août 1893, il fut réélu au premier tour de scrutin, sans concurrent, par 6.661 voix sur 7.486 votants. En novembre 1893, au cours de l'interpellation de MM. Jaurès et Millerand sur la politique générale, il dénonça « ce faux point d'honneur qui mène à toutes les faiblesses et à toutes les capitulations : la peur de ne pas paraître assez avancé ».

Le 25 juillet 1894, il prit une part importante dans la discussion du projet de loi sur les menées anarchistes ; à la suite de cette discussion, il eut un duel avec Clemenceau. En novembre 1894, au cours d'une interpellation de M. Jules Guesde, il faisait le procès du collectivisme. En janvier 1896, il était élu vice-président de la Chambre des députés. En juin, il intervenait dans le débat sur le projet de loi relatif au travail des femmes et des enfants. En mars 1897, dans un banquet que lui offraient ses électeurs, il prononçait un grand discours montrant que les circonstances nécessitaient une modification profonde dans le reclassement des partis. Il entreprit ensuite dans le pays une campagne de conférences où il défendit le programme des « Républicains sans épithète». De même, il combattit le socialisme révolutionnaire à Carmaux et à Roubaix. Le 10 juillet, la Chambre votait l'affichage de son intervention sur l'interpellation de Jaurès au sujet de la crise agricole. Après le vote de la loi du 1er avril 1898 sur la mutualité - dont il fut l'apôtre dévoué et infatigable - au cours de nombreuses conférences, il montra l'avenir de cette évolution sociale.

En 1898, Paul Deschanel était vice-président du conseil général d'Eure-et-Loir, vice-président du conseil supérieur des colonies, membre du conseil supérieur de l'agriculture, membre de la Commission extraparlementaire d e la marine, de la Commission extraparlementaire de décentralisation, de la Commission des archives diplomatiques au Ministère des Affaires étrangères.
Le 8 mai 1898, il fut réélu député de l'arrondissement de Nogent-le-Rotrou, au premier tour de scrutin, par 6.682 voix sur 7.992 votants, sans concurrent. Le 9 juin, il fut élu président de la Chambre des Députés par 287 suffrages contre 277 à M. Henri Brisson, poste où la confiance de ses collègues le maintint pendant toute la durée de la législature.