Châtillon a écrit :
Dans la maison de Coligny, se trouvaient plusieurs personnes qui ont été sauvés du massacre. On y trouvait le pasteur Merlin et Ambroise Paré (qui d'ailleurs n'avait pas encore adhéré pleinement au protestantisme, si je n'abuse). J'ai cru lire que ces deux-là s'étaient enfuit, mais je cherche désespérément une confirmation de ce fait. Paré était attaché au service des Guise et placé sous leur protection. Je le vois mal s'enfuir alors que son protecteur Guise est précisément là pour le sauver d'un éventuel assassinat.
Le 22 août 1572, après les coups d'arquebuse de Maurevert sur l'amiral de Coligny près du Louvre, le roi lui envoie son meilleur chirurgien, Ambroise Paré. Celui-ci se rend dans l'hôtel de Coligny, où l'amiral vient d'être ramené. Paré coupe le reste de l'index droit brisé et extrait une balle du coude gauche. Le roi de Navarre, le prince de Condé et le ministre protestant Merlin entouraient Coligny. De Thou relate cela, disant avoir entendu Paré raconter ces faits plusieurs fois.
Le 24 août après la sonnerie des matines vers trois heures du matin, Coligny est tué. Ambroise Paré se trouvait chez l'amiral. Il y avait aussi Merlin, Simon Goulart et des serviteurs. Cela est relaté par François Hotman et par Simon Goulart. Avec ceux qui le purent, Paré s'enfuit par le grenier et par les toits. "Nous ne pourrons cependant pas suivre Paré après sa fuite, en cette journée de dimanche dont on ne sait s'il la passa chez lui ou bien au Louvre" déclare Paule Dumaître, dans
Ambroise Paré, chirurgien de 4 rois de France, Perrin, 1990, page 264.
Ambroise Paré a soigné avec succès François de Lorraine, duc de Guise, en 1551. Mais il n'est pas resté très longtemps aux service des Guise. Il est devenu premier chirurgien du roi de France. Il l'accompagne souvent. En 1569-70, Paré est invité en Flandre par la famille du marquis d'Havré qui est très malade. Paré le guérit et revient à Paris auprès du roi. Paré écrit ses
cinq livres de chirurgie.
Le protestantisme de Paré a été affirmé par Brantôme, Sully et Varillas, et est supposé d'après quelques indices. Mais la biographe et ancienne conservateur en chef de la bibliothèque de la faculté de médecine de Paris, Paule Dumaître, n'en est pas convaincu, à cause de plusieurs documents, dont les registres de la paroisse Saint-André-des-Arcs qui montrent que lui et sa famille vécurent et moururent dans l'église romaine, et qu'il fut parrain par trois fois, en 1553, 1578 et 1579, ce que n'aurait jamais permis le curé de la paroisse, Christophe Aubry, grand pourchasseur de protestants, s'il avait eu des doutes sur la sincérité de la foi catholique du chirurgien. Mais Ambroise Paré était tolérant et assez proche des huguenots.