D'où l'importance du recouper avec d'autre discipline.

Si je reprends votre exemple. On se retrouverait avec avec un certains nombres de caractéristiques communes au langues amérindiennes. Cependant cet ensemble de caractéristiques ne seraient pas forcement des caractéristiques de la langue "asiatiques restreinte" car toute les langues évoluent. En quelque sorte langue mère ne survit pas à ses enfants. Chaque enfant est la langue mère qui évolue dans le temps pour donner une langue fille.
Pour imager les langues amérindienne seraient sœurs la langue "asiatique restreinte" serait une cousine survivante.

La disparition d'une langue pose évidement un problème mais de mon point de vue c'est un problème neutre à priori car des disparitions peuvent avoir eu lieu bien en Afrique qu'au moyen-orient.
De plus les langues sémitiques enclavé dans le moyen-orient, zone aussi vaste si ce n'est plus que l'Éthiopie si ce n'est plus, ne montre pas une diversité plus grande.
En revanche la question l'ancienneté du groupe afro-asiatique pose problème. Elle pourrait être apparue au moyen-orient ou ailleurs pour entamer une nouvelle période d'expansion au néolithique après son implantation en Afrique avant l'essor du croissant fertile.

Mais par dessus tout le recensement des langues et dialectes actuels est loin d'être exhaustifs et les méthodes de classifications sont discutable. Si il s'avère que langues sémitiques orientales sont "cousines" et les langues sémitiques africaines sont "sœurs" alors dans ce cas ont peut en déduire que la souche se situe au moyen-orient plutôt qu'en Afrique.
Une "quantification" rigoureuse de la proximité entre les langues est essentielle pour trancher le débat. Sur le plan linguistique du moins.

Un article intéressant au possible :

" Les migrations de populations bantoues" de David Phillipson , dans "Les Langues du monde" Editions Pour la Science 1999
ISBN : 2-84245-015-9

Où l'on apprend comment les langues bantoues se sont diffusées dans l'Afrique equatoriale et australe ...

Voir aussi http://fr.wikipedia.org/wiki/Bantou