On sait que les chiens ont pour ancêtre les loups.
Mais comment les hommes ont-ils fait pour faire évoluer les chiens-loups aux stade de caniche et de chihuahuas ?
Ces animaux sont très différents des loups ....

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Le souvenir ne disparait pas, il s'endort seulement.
Epitaphe trouvée dans un cimetière des Alpes

La science de l'histoire est une digue qui s'oppose au torrent du temps.
Anne Comnène, princesse byzantine (1083-1148)

Le passé fait plus de mal que le présent
Proverbe Albanais

En isolant certaines caractéristiques physiques par croisement selon l'usage qu'ils voulaient faire des chiens.

Pas mieux.

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et tout le reste n'est que littérature

Cela fait des millénaires que les "paysans" pratiquent la sélection et la spécialisation des animaux domestiques. Il faut prendre en compte la longue durée : faites une sélection pendant mille ans des chiens les plus petits et le résultat ne fait guère de doute... Ce qui peut étonner, c'est le fait d'avoir ainsi sélectionné des mini-chiens de compagnie.

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Les raisonnables ont duré, les passionnés ont vécu. (Chamfort)

En fait, dans le chien original, il y avait suffisamment de richesse génétique pour qu'on puisse isoler les caractéristiques de toutes les races de chien actuels (et ceux qu'on n'a pas retenus). Sur le plan génétique, la sélection est un appauvrissement du génome. Ce qui peut entrainer la disparition d'une espèce.

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Une théorie n'est scientifique que si elle est réfutable.
Appelez-moi Charlie

Sachant que certaines idéologies préconisent la sélection des humains, peut-on en déduire la même issue théorique fatale pour l’homme, sa disparition ?
(Abstraction faite du caractère inhumain de la démarche.)

Qu'est-ce que vous racontez ? Les nazis sont les seuls qui aient imaginé sélectionner une race humaine avec certaines caractéristiques. Il n'y a plus aujourd'hui d'idéologie massivement diffusée pour prôner ce genre d'absurdité.
Il y a eu aussi les hygiénistes, qui ont milité pour la suppression des maladies génétiques (voire même des maladies mentales) soit par la suppression des malades soit par un blocage mis à leur reproduction. Mais c'est un peu différent que de vouloir créer une race humaine sélectionnée comme le sont les races d'animaux domestiques.
Narduccio confirmera, mais il me semble que le fait de sélectionner exclusivement les blonds aux yeux bleus ne serait pas un motif d'extinction, génétiquement parlant.

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Les raisonnables ont duré, les passionnés ont vécu. (Chamfort)

Bien sur, je caricaturerais la démarche …. bien évidemment le « certaines » désigne « une particulière »
Mais il faut quand même préciser une évidence, il existera toujours un plus blond que blond et un plus bleu que bleu, un plus valide que le valide, on est toujours un infirme par rapport à un autre qui l’est moins.
La sélection ne connaît pas de limite.

Je vais parler des abeilles. Le samedi, j'écoute "Sur les épaules de Darwin" de jean Claude Ameisen. http://www.franceinter.fr/emission-sur-les-epaules-de-darwin

Ce samedi-ci, il parlait de certaines études sur les abeilles. Cela faisait suite à un sujet assez proche diffusé la semaine passée. Il y avait 2 études portant sur l'impact de la richesse génétiques sur les abeilles. Celle de ce samedi est la plus riche d'enseignements. J'ai découvert que les jeunes reines d'Apis melifera ont 2 comportements différents. Les premières se laissent féconder par un seule mâle. Les abeilles qui vont naitre de l'union sont donc le fruit du croisement de l'ADN de la reine et de cet unique mêle. Mais, d'autres jeunes reines multiplient les fécondations. Les œufs qui vont éclore sont donc génétiquement très diversifiés.

Ces ruches-là sont celles qui survivent le plus longtemps. Mieux, les scientifiques se sont rendus compte que plus les comportements des individus sont différents, plus cela est une richesse pour la ruche. Un autre exemple justement, on peut classer les butineuses en deux catégories : d'un coté les méticuleuses, elles prennent leur temps pour sélectionner les fleurs qu'elles vont butiner et se montrent très exigeantes sur les fleurs sélectionnées. Ce sont elles qui butinent souvent les fleurs les plus riches en pollen. De l'autre, les brouillonnes, des butineuses qui se jettent sur toutes les fleurs, allant jusqu'à vouloir butiner des fleurs sans pollen. La coexistence de ces 2 sortes de butineuses est une richesse pour la ruche. Dans les saisons où les fleurs sont rares, ce sont les méticuleuses qui remplissent le plus les rayons. Les brouillonnes de fatiguant à butiner de multiples fleurs pour ramener peu de pollen. Mais, quand les fleurs éclosent en masse, ce sont les brouillonnes qui remplissent les rayons.

Si on voulait sélectionner qu'un seul des modes de butinage, par exemple parce qu'on pense que ce serait le plus efficace, on appauvri les ruches et on les fragilise. Le fait que tous les individus n'obéissent pas à la même logique semble être un avantage pour les insectes sociaux. J'ai la faiblesse de croire que c'est aussi le cas chez tous les animaux sociaux, voire tous les animaux en général.

PS: pour le chien, les sous-espèces ne sont pas encore assez séparées pour voir l'émergence de races spécialisées. Il y a donc encore souvent des croisement entre diverses races. Ces croisements se font soit de manière "accidentelle" entre des chiens qui divaguent, par exemple; soit de manière plus ou moins volontaire chez certains maîtres qui cherchent à concilier les avantages de 2 races. L'appauvrissement, ce serait d'empêcher ces croisements et d'aller vers une spéciation.

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Appelez-moi Charlie

Vaut-il mieux avoir une espèce avec des individus diversifiés ou beaucoup de sous-espèces avec des individus peu diversifiés?
La disparition d'un sous-espèce n'est pas en soi dramatique. Et lors d'un changement important du milieu, il y a plus de chance pour qu'une sous-espèce peut y être adaptée

Vous posez mal la question. La sélection naturelle va jouer et sélectionner les plus aptes. Pas les plus forts comme on lit trop souvent, mais bien les plus aptes. De ce qu'on sait, la plupart des espèces trop adaptées à un seul environnement ont tendance à disparaitre. Sauf si elles sont adaptées à cet environnement particulier. Ce qui conduira à leur disparition quand cet environnement disparaitra. Mais, les espèces plus généralistes risquent de se retrouver confinées dans des niches, jusqu'à ce que l'espèce spécialisée disparaisse. Plus le génome est riche et diversifié, plus l'espèce concernée a de chances de survivre à des changements importants. Mais un génome ne peut être diversifié que si l'espèce peut se développer dans un environnement diversifié, sur de grands espaces en maintenant un contact entre les diverses sous-populations.

Si on se place du strict point de vue du chien, il existe un réservoir génétique naturel : le loup. En introduisant de temps en temps des gènes du loup, on maintient la diversité génétique de l'espèce. Pour l'instant, cela s'est fait naturellement. L'autre manière de maintenir la diversité, ce sont les "bâtards" entre diverses races. Or, les éleveurs, en recherchant une "pureté" génétique ont souvent appauvri les pools génétiques conduisant parfois à des tares. Il faut comprendre le point de vue des éleveurs : chaque chien qui n'est pas conforme au standard est de l'argent jeté. Il diminue le rendement. Il est donc logique qu'ils préfèreraient que dans leurs portées tous les chiots soient conformes au standards de la race concernée. En augmentant la consanguinité, ils augmentent leurs rendements. Mais, ils augmentent aussi le risque de vois se développer des maladies génétiques. On entend parfois dire que telle race est plus susceptible que d'autres de porter telle ou telle maladie. Mais c'est parce que l'un des parents sélectionné pour ses qualités portait en lui les gènes concernés (qui souvent n'ont rien à voir avec les caractéristiques des races en question). Il suffirait parfois de repartir de chiens exempts de ces maladies, mais portant les caractéristiques de ces ancêtres pour redévelopper des races exemptes de ces maladies. Mais, il y a toujours le risque d'en sélectionner d'autres.

Il me semble que pour "fortifier" certaines races de chien, on réalise des accouplements avec des chiens d'autres races plus ou moins apparentées. Au bout d'une ou deux générations, les chiots sont conformes aux standards voulus sans les inconvénients. Mais quelques générations d'après, les problèmes surviennent à nouveau.

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Sur les chiens, c'est sans doute vrai, car ils ne sont pas soumis à la selection naturelle.

Mais dans un cadre naturel, la consanguinité fait diminué le nombre de "tares" les plus graves au bout de quelques générations et non pas l'inverse...Seules sont concernées les maladies hériditaires recessives

Un exemple: deux parents cousins ayant hérité d'une tare d'une maladie recessive. Ils sont des porteurs sains: un de leurs deux allèles est atteint.
Statistiquement, s'ils on 4 enfants:
1 sera malade (deux allèles atteint)
2 seront des porteurs sains (1 allèle sur deux touché)
1 ne sera pas porteur de l'allèle malade.

Si la maladie entraine une mort jeune ou une stérilité, alors à la 2ème génération, la fréquence de la tare aura baissé de 66% (de 50% à 33 %) car les deux allèles de l'enfant malade n'aura pas été transmis

En fait c'est le passage de hétérogamie à l'homogamie qui provoque une apparition plus importante de maladies génétiques. (L'hétérogamie permet des fréquences alléliques plus importantes sans que le phénotype (ici la maladie) associé n'apparaissent, quand on passe en homogamie la fréquence reste la même mais le phénotype associé apparait d'avantage.
Ces maladies n'étant pas forcément létales avant l'âge de la reproduction, elles peuvent facilement devenir la "norme". L'introduction d'autres allèles (les accouplement avec d'autres races) permet de faire reculer leur apparition mais il s'agit de fait d'un retour à l'hétérogamie.
Son abandon au profit d'accouplement consanguin (et donc retour à l'homogamie) aura pour conséquence le retour des maladies génétiques...

Vous dîtes que la fréquence reste la même mais que le phénotype apparait d'avantage.
Si à la deuxième génération, 1/4 des individus possèdent une maladie récessive non létale, à la 10ème génération, ça sera toujours 1/4 des personnes. Nan?
Le taux de consanguinité sur un individu n'augmente pratiquement pas, même après la 10eme génération, tous issus d'un seul couple d'ancêtre.

On se focalise sur les maladies, mais la consanguinité favorise aussi les avantages que peuvent avoir eu le couple d'ancêtre ancestral.
Et même donner de la diversité dans les phénotypes. Ceux qui ont les yeux bleus c'est du à la consanguinité de leur aïeux (2 allèles identiques sur le même gène), ce qui donne une apparence différente par rapport à ceux qui n'en ont qu'un ou pas du tout.

Mais peut-être que je me trompe: Est-ce qu'on a vraiment pu définir que les populations issus d'homogamie étaient plus malade ou fragile que les autres?

Je parle de fréquence allélique donc de la fréquence d'un allèles dans la population. Dans l'hétérogamie en effet si 25% des individus sont malade à la dixième génération cette valeur restera la même. Mais si certain de ces individus passe de l'hétérogamie à l'homogamie. Les porteurs de maladie se reproduisent entre eux les phénotype "maladie" devient alors plus fréquent mais sans que la fréquence de l'allèle dans la population ne soit modifié. La difficulté est que l'on ne raisonne pas en terme d'individus mais de population.

Scientifiquement homogamie et hétérogamie ne conduise pas plus l'un que l'autre à une population "fragile". C'est uniquement le passage de l'hétérogamie à l'homogamie qui aboutit à cela et seulement pour un temps. Une population homogame de longue date aura vu disparaitre l'excès de caractères indésirables grâce aux autres mécanismes de l'évolution et ne sera pas plus "fragile".

L'hétérogamie par contre permet l'existence d'une plus grande variété d'allèles et donc potentiellement une meilleur adaptabilité aux changements.

Dans le cas qui nous intéresse nous avons une population sauvage : le loup. L'homme contrôle sa reproduction et favorise certains caractères en ayant recourt à l'homogamie (les petit chien ensemble, les poils courts ensemble, etc) malheureusement ceux-ci sont parfois accompagné d'autres caractères jugé indésirables (faiblesse cardiaque, forme de la mâchoire, etc). On réintroduit donc de l'hétérogamie pour diminuer rapidement ces caractères avant de repasser à l'homogamie puis hétérogamie ...
Dans le cas d'un problème influençant la reproduction, une homogamie sur un grand nombre de génération finira par voir régresser ce problème grâce à la sélection naturel. Mais les éleveurs n'ont pas forcément le temps et les caractères indésirables ne sont pas forcément une gêne à la reproduction. Pire c'est le caractère voulu qui peut être une gêne!