On peut faire de multiples suppositions. Et d'ailleurs elles ont déjà été faites.
D'une part considérer que parfois, une légende peut avoir un fond de vérité historique. Par exemple, nul ne doute que la ville historique de troie identifiée par Schliemann a bien subi 1 ou 2 destructions violentes.
De même, nul ne doute que des colons phocéens aient quitté les rives de l'Asie mineure pour aller fonder Massalia. Dès lors, il n'est pas du tout impossible que des colons ou des exilés venus de la côte égéenne de l'Asie mineure soient parvenus jusqu'au Latium (moins lointain pour eux que les côtes de Provence).
D'autre part, on peut voir les raisons idéologiques qui auraient conduit les romains à s'inventer une ascendance troyenne factice.
La culture grecque était la culture dominante de leur temps en Italie. Elle influençait fortement (par le sud) l'Italie du centre.
Il y avait un phénomène d'attraction-répulsion parce que la brillante culture séduisante était séduisante et parce que, malgré cette séduction, les romains devaient certainement vouloir garder leur caractère propre, ne pas se faire complètement acculturer par les grecs.
Dans cette logique, il est assez habile de se choisir comme ascendants les troyens puisque les troyens appartiennent à la mythologie grecque (l'Iliade au coeur de la culture et de l'identité grecque antique) et en même temps s'en distinguent sans être grecs.
Homère ayant lui-même largement héllénisé les troyens dans l'Iliade (en faisant soutenir les troyens par des dieux du panthéon grec par exemple), le terrain était déjà balisé pour cette-confusion/distinction.