Le problème se pose aussi à l'université avec les gué-guerres entre DR, départements, universités. Fondamentalement, le problème est que le futur doctorant ne peut pas faire son choix en connaissant toutes les arcanes du milieu qu'il maîtrisera plus tard.
Mieux vaut choisir un sujet passionnant et un DR avec qui on a quelques atomes crochus. L'institution d'encadrement, IMHO, découle de ces deux facteurs. Le reste, on le découvre plus tard.

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<i>On ne se fait pas putain comme on s'fait nonne,
C'est du moins ç'qu'on prêche en latin à la Sorbonne<i>

Ou pas, si les choix qu'on a faits au départ s'avèrent pénalisants...

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«L'humanité est comme un paysan ivre à cheval: quand on la relève d'un côté, elle tombe de l'autre.»
(Martin Luther)