Bonjour Exelica,
Je vais essayer de te répondre de la façon la plus complète possible, en reprenant dans l'ordre les étapes de la scolarité

En L3, on ne peut pas encore préjuger de la qualité de "chercheur" de l'élève, car le travail demandé en recherche est très différent des dissertations et des commentaires de documents de la L3. Tu peux donc tout à fait t'inscrire en master recherche même si tes notes en licence ne sont pas excellentes. Tu pourras passer le CAPES et/ou l'agreg après un master recherche, pas besoin d'un master MEEF comme tu l'as dit. Après, la question de l'expression orale et écrite est primordiale, il est donc nécessaire de mettre le paquet là-dessus dès maintenant, car ça risque de ne pas passer le jour du concours...
Rester à Pau pour ton master semble judicieux, s'il y a un maître de conférences réputé qui étudie un domaine qui te plaît. Attention, j'anticipe un peu, mais un maître de conférences ne peut pas diriger une thèse, en gros il faut être professeur des universités ; il te faudra donc changer de direction pour une éventuelle thèse (ce qui n'est pas du tout un problème, c'est fréquent).
Ensuite, la préparation des concours. Le Capes est beaucoup plus accessible que l'agrégation ; en gros, environ 700 places contre 90 pour l'agrégation. Quand on regarde le nombre d'admissibles à l'agrégation par académie cette année (
http://publinetce2.education.fr/publine ... ISSIBILITE) beaucoup d'académies sont représentées, mais de façon très inégale. Il en sera de même pour les résultats finaux. Mais attention : les membres du jury sont loin de venir tous de facs parisiennes. De plus, ils ne savent pas l'endroit d'où tu viens. Si les résultats sont meilleurs pour Paris/Créteil/Versailles, c'est surtout parce que les meilleurs élèves se dirigent vers ces facs, en voyant ces mêmes statistiques. Ensuite, il y a certainement un effet boule de neige : quand une fac a de bons résultats à l'agreg, elle s'investit plus dans la préparation de ce concours, alors que quand elle n'a presque jamais d'admissibles, elle se concentre sur le Capes.
On peut avoir un contrat doctoral sans Capes ni agrégation. Il "suffit" qu'un prof accepte ta candidature, puis que tu envoies un dossier écrit à la fac, et que tu passes une audition orale. MAIS : il est difficile d'obtenir un contrat, et tu amenuises beaucoup tes chances de l'avoir sans concours de l'enseignement (et c'est beaucoup mieux d'avoir l'agrégation...). Tout simplement parce qu'il est déjà extrêmement difficile d'avoir un poste à l'université après sa thèse, et sans concours de l'enseignement les chances sont presque à zéro. Du coup, tu risques fort de te retrouver à 30 ans avec un doctorat, mais rien pour vivre. Tu peux passer le Capes après ta thèse, mais pas évident de se remettre aux dissertations plusieurs années après... ==> Tout ça pour dire que oui, il faut consacrer une année au moins après le master recherche à la préparation de concours (et si ce n'est qu'une année, c'est déjà bien

). La formule souvent adoptée est la suivante : passer le Capes d'abord, et si on l'obtient et qu'on en a toujours sous le pied, on peut demander un report de stage à l'Education nationale et avoir une seconde année pour préparer l'agrégation.
Il faut bien que tu t'interroges sur ton projet ; avec le Capes ou même l'agrégation, et même en faisant une très bonne thèse, la probabilité d'avoir un poste dans le supérieur est mince. Du coup, ne pas vouloir enseigner dans le secondaire paraît peu compatible avec ton envie de recherche....