Salut à toi !
Je suis en thèse d'histoire moderne à Lyon et je travaille sur le Japon, donc ton parcours et tes ambitions me parlent ! L'institut "dont tu as oublié le nom" est certainement l'Institut d'Asie orientale

Le plus important pour toi, pour l'instant, c'est lire (le Reischauer est bien mais daté, vois plutôt la synthèse de F. Hérail, L'Histoire du Japon des origines à notre jour. Hermann, 2010. C'est une réédition introuvable sauf en bibliothèque mais c'est à peu près à jour) et comme l'a bien dit calame, faire du japonais. Si tu ne peux pas prendre de cours, suis ceux de Julien Fontanier sur yt, ça n'avance pas vite, c'est toujours en cours, mais c'est extrêmement complet. Et commence dans la foulée à apprendre les kanji : il va falloir en connaître au minimum 2000 (ceux de base les jôyô) pour être crédible en thèse et par la suite. La grammaire japonais n'est
pas simple, elle est très éloignée du français et par conséquent assez déroutante - mais ça reste toujours moins compliqué que le français ! En plus tu n'as pas précisé sur quelle période tu souhaiterais travailler, mais selon la période qui t'intéresse, faudra peut-être te mettre au kobun et au kambun, qui nécessitent une bonne maîtrise du japonais moderne...
Pour la maîtrise de la langue le passage à l'INALCO est évidemment le meilleur moyen. Je n'y suis pas passé personnellement mais il faut reconnaître que le niveau en langue de leurs étudiants est franchement impressionnant. Après tu as aussi une bonne licence de japonais à Lyon aussi et probablement ailleurs !
Il y a d'excellents profs à l'EPHE, mais comme te l'a dit calame, ça dépendra vraiment de ce sur quoi tu veux travailler. A l'EPHE, l'EFEO; l'INALCO etc on est pas mal branché histoire ancienne, "médiévale" (je n'aime pas le mot pour l'Asie mais bon...) ou moderne, histoire du bouddhisme, études littéraires pointues, histoire des arts et archéologie etc etc. à l'IAO à Lyon c'est plus sciences sociales contemporaines... C'est en construisant ton projet que tu verras vers qui te tourner, et par conséquent vers quelles universités tes pas te porteront. Tu as encore largement le temps de penser à tout ça. En revanche l'apprentissage du japonais c'est maintenant !
Bon courage et en espérant que tu pourras mener à bien tes projets...auquel cas on se reverra !
Si tu as d'autres questions hésite pas !