Le califat de Bagdad une fois anéanti par les Mongols, le sultan mamlûk d'Egypte, Baybars, décida peu après d'introniser un calife, et il invita au Caire (659/1261) un oncle du dernier 'Abbâside de Bagdad, un des seuls membres de la famille à avoir échappé au massacre. Ce calife prit la tête d'une armée et il trouva la mort en tentant, en vain, de reprendre Bagdad ; un autre 'Abbâside dut installé au Caire l'année suivante. La présence à demeure d'un calife au Caire servit à légitimer le pouvoir mamlûk d'Egypte et procura une arme morale à la guerre contre les croisés et les Mongols ; les califes, de plus, continuèrent, comme à Baghdad, à assumer la fonction de chefs des ordres de chevalerie, la futuwwa. Mais ils n'avaient aucun pouvoir réel au sein de l'Etat mamlûk, et il n'était en aucun cas question d'un partage du pouvoir avec les sultans. Le dernier calife, al-Mutawakkil III, fut emmené à Istanbul en 923/1517 par Sélîm le Cruel, mais l'anecdote selon laquelle il aurait abandonné aux sultans ottomans ses droits de califat est une fiction forgée de toutes pièces au XIXe siècle.