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Cette conquête du Songoi fut sans doute la ruine du commerce soudanais et la décadence intellectuelle de Tombouctou.
Tout à fait. On touche ici au paradoxe de cette campagne, succès militaire et politique pour le sultan saâdien mais avec un résultat financier décevant. Depuis l'établissement du commerce trans-saharien, l'or soudanais arrivait au Maroc par un mécanisme économique simple : or et esclaves d'un coté, sel et produits finis de l'autre. Mais l'invasion marocaine va bouleverser ce mécanisme et aboutira au tarissement des expéditions d'or vers le Maroc. Un contemporain estime les arrivées annuelles d'or à 4 quintaux au lieu de 200 quintaux avant la guerre.
Sur le plan politique le Maroc connait une guerre civile à la mort du sultan Ahmad Al-Mansur en 1603. L'entité politique créée par l'armée saâdienne, le Pashalik de Tombouctou, en profite pour se détacher de la tutelle saâdienne qui reste nominale et des pashas cooptés par les Armas (caste militaire descendant des conquérants marocains) se succèdent jusqu'en 1825.
Une autre conséquence inattendue de la conquête est la
dés-islamisation du Soudan. L'empire Songhay avec la ville de Tombouctou, constituait le centre de l'islamisation et de la culture islamique dans la région, sa disparition entrainera un recul de la culture islamique au profit des cultes animistes ancestraux avec notamment la montée en puissance des Bambaras (des Malinkés animistes).