Muhammad n'est jamais allé à Jérusalem. Le texte coranique nous dit qu'en une nuit, il s'est rendu à la masjid al-aqsa (qu'on identifie, de nos jours, en arabe, à l'ensemble du mont du Temple) puis que de là, il est monté au ciel (c'est respectivement l'isra', le voyage nocturne, et le mi'raj, l'ascension). Et le lendemain, il était bien à La Mekke.
Pour être précise, la principale sourate coranique évoquant cet événement de manière claire est la XVII,1 :
Citer :
Gloire à celui qui a fait voyager de nuit son serviteur de la Mosquée sacrée [masjid al-haram] à la Mosquée très éloignée [masjid al-aqsa] dont nous avons béni l'enceinte, et ceci pour lui montrer certains de nos Signes. Dieu est celui qui entend et qui voit parfaitement. (trad. Masson).
Tout le reste est une littérature ultérieure - et abondante : hadiths, ouvrages para-religieux. En particulier, la liaison masjid al-aqsa / mont du Temple n'est pas documentée de manière très, très ancienne. Les traditions ont été compilées au IXe siècle. Voir l'article de wiki "Isra et Miraj", dernier paragraphe de la partie interprétation, ou cet article de l'Iranica :
http://www.iranicaonline.org/articles/meraj-i