La lutte de l'Église contre les déviations de dogme et de comportement se manifeste par des actions de condamnation institutionnelle, associées éventuellement à des actions de caractère militaire contre les individus identifiés comme tels. L'un des exemples les plus connus et les plus massifs est le donatisme au IVe siècle, dans lequel l'aspect religieux se mêle aux difficultés sociales pour donner un conflit civil de première importance dans les provinces d'Afrique.
Pour la période du Moyen Âge central, les évêques ont la responsabilité (le devoir pastoral) de lutter contre l'hérésie parmi leurs fonctions normales. Néanmoins, il n'est pas rare que les souverains locaux, comme le roi de France à Orléans en 1022, ou le pape, après la réforme dite Grégorienne, interviennent par la mise en place de procédures judiciaires extraordinaires.
L'un des cas les plus connus est celui qui précède l'établissement de l'Inquisition : à Toulouse en 1178, le comte Raymond appelle le pape à intervenir contre l'hérésie (Bernard de Clairvaux avait mené une campagne de prédication en 1145, mais sans endiguer le phénomène). Le pape envoie le cardinal Pierre de Pavie et l'abbé de Cîteaux dans la ville rose où ils mènent une campagne contre certains individus, notamment Peire Maurand, qui reconnait ses "erreurs" et les abjure publiquement. Ce qui n'empêche pas une partie de sa famille de tremper dans l'hérésie tout le long du 13e siècle. L'entreprise n'est toutefois pas un franc succès, car deux "hérésiarques", qui ont mené - et perdu, du point de vue de l'Église - le débat contre le légat, échappent à toute procédure en raison de sauf-conduit délivrés par les légats eux-mêmes. Dorénavant, les missions de prédication/jugement/condamnation envoyées par le pape ne garantissent plus de telles immunités : en 1181, l'abbé de Cîteaux, désormais cardinal, retrouve les deux hérétiques à Lavaur au cours d'une expédition armée. Sans garanties, ils abjurent leurs positions et ré-intègrent l'église comme chanoines.
L'Inquisition médiévale, crée par le pape au début du XIIIe siècle, se situe dans la continuité de ces entreprises, avec un changement d'échelle d'intervention, une régularité de la procédure et une spécialisation du personnel. Toutefois, le clergé local est généralement assez hostile à l'Inquisition et cherche à obtenir les fonctions de lutte contre l'hérésie. En Languedoc, par exemple, les Dominicains doivent céder la main à un évêque local entre 1248 et 1254. Ils reviennent en force par la suite, mais la fin du Moyen Âge voit l' "ordiniarisation" de l'Inquisition (l'Ordinaire étant l'évêque d'un diocèse). Au passage, la Sorbonne n'a jamais formé une Inquisition ; la faculté de théologie de l'université de Paris, dont la Sorbonne n'est qu'un collège, rend un avis sur la demande d'autre autorités, mais n'a aucun pouvoir d'enquête, de jugement ou de condamnation.
Par la suite, les États se dotent de pouvoirs de lutte contre l'hérésie, soit par des tribunaux de nature ecclésiastique mais soumis à leur autorité (l'Inquisition espagnole et l'Inquisition portugaise), soit par les tribunaux laïcs (le Parlement français). Le pape renouvelle l'Inquisition sous une nouvelle forme, l'Inquisition romaine, mais doit composer avec les pouvoirs laïcs.
_________________ Ira principis mors est
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