D'après un documentaire sur Jérusalem, il est fort possible que l'Arche soit cachée dans un des très nombreux souterrains du mont du Temple.
Mais comme il faudrait creuser sous le Dôme du Rocher, il n'est pas possible d'y faire des fouilles archéologiques.
Les archéologues sont réduits travailler sur les notes d'un archéologue anglais du XIXe siècle qui avait obtenu la permission du dirigeant d'alors.
Une autre hypothèse, tirée du récit éthiopien
Kebra Nagast (chap. 35), serait que l'Arche se trouverait toujours dans le Saint des Saints d'une église chrétienne située à Aksoum : la cathédrale Sainte Marie d'Aksoum, en Ethiopie.
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Salomon avait d'autres femmes et sans doute de nombreux enfants mais c'était la reine de Saba qui l'avait le plus impressionné. Aussi voulut-il le retenir chez lui. Ménélik ayant promit à sa mère de revenir en Ethiopie finit par obtenir ce qu'il voulait de son père qui dans l'espoir de voir son royaume s'agrandir vers le Sud lui donna les premiers né de ses fonctionnaires afin que le royaume de Saba soit semblable au sien. Le tout pour la gloire de son Dieu. Or les premiers nés quittèrent pas leur pays de plein gré pour une contrée aussi lointaine. Le fils du grand prêtre Sadok, devant partir comme tous les autres premier nés de fonctionnaire s'était chargé de dérober l'arche de l'alliance qui se trouvait dans le saint des saints du temple de Jérusalem. Ils emportèrent donc en secret avec eux l'arche de l'alliance symbole de la puissance du Dieu d'Israël qui avait conclu une alliance avec son peuple élu au temps de Moïse. L'Ethiopie se réjouit alors de l'arrivée de l'arche de l'alliance et de l'élection du peuple de Saba par ce Dieu d'Israël. L'arche de l'alliance fut appelé Sion, mezgeba Axoum, trésor d'Axoum.
Et maintenant, une hypothèse aussi personnelle qu'impie : l'arche étant faite en bois, elle aurait pourrie suite à un manque d'entretien.