Pour autant que je sache Justinien n'a effectivement pas voyagé. Le centre du pouvoir, les organes de gouvernement étaient à Constantinople, Justinien lui même, son oncle Justin, l'empereur Anastase et bien d'autre ont été porté au pouvoir dans la capitale, c'était là que se jouait la prise de contrôle et le maintient à la tête de l’Etat.
Même les empereurs plus militaires et moins sédentaires durent composer avec Constantinople. Justinien semble avoir été davantage un homme de travail sur dossiers et de discutions théologiques qu'un voyageur dans l'âme. Vous évoquez à juste titre la peur d'un complot (il y en eu plusieurs sous son règne, et ce alors qu'il était présent, on imagine le risque décuplé en cas d'absence). Une rébellion sur l'une ou l'autre frontière (comme il y en eu sous le règne d'Anastase dans les Balkans ou beaucoup plus tard avec Tomas le slave) pouvait toujours être étouffée a terme tant que le cœur administratif et symbolique de l'empire était tenu.
Même lors de la sédition Nika Justinien, sur adjuration de sa femme décide de rester dans la capitale et de tenter le tout pour le tout, c'est dire l'importance la cité. Après tout c'est la personne qui tenait Byzance qui était considérée comme légitime me semble t'il, quelque soit le souvenir qu'elle laisse.